虽然人类基因组中有尼安德特人DNA的古老片段，但一项新研究的研究人员并没有在现代男性的Y染色体中发现尼安德特人基因的证据，支持尼安德特人和智人的男性后代可能比他们的女性后代面临更多挑战的理论。

早期的研究已经对尼安德特女性化石中母亲传给孩子的线粒体DNA进行了测序。这项新研究发表在美国人类遗传学杂志4月7日，他首次检测了尼安德特人的Y染色体，这种染色体只由父亲遗传给儿子。

研究人员不确定Y染色体的消失是偶然发生的，还是在进化环境中发生的，但他们认为尼安德特人Y染色体的基因可能与人类基因不兼容。

“我们发现的突变的功能性质向我们表明，尼安德特人Y染色体序列可能在基因流动的障碍中发挥了作用，但我们需要做实验来证明这一点，现在正在努力计划这些。”说斯坦福大学医学院的研究人员卡洛斯·布斯塔曼特说。

同样来自斯坦福大学的研究人员费尔南多·门德斯解释说，女性的免疫系统可能会攻击携带尼安德特人H-Y基因的男性胎儿，这是一种类似于HLA抗原的微小组织相容性抗原，移植外科医生必须检查以确保器官捐赠者和接受者具有相似的免疫图谱。

尼安德特人Y染色体的缺失可以归因于女性不断流产携带该染色体的男婴。虽然这是一个未经证实的想法，但现代女性的免疫系统有时会对基因不相容的男性后代做出反应。

例如，在抑制癌症中起作用的KDM5D基因的突变，早前就被认为与更高的流产风险有关，因为它可以引起孕妇的免疫反应。

“我们确定了尼安德特人和现代人Y染色体之间的蛋白质编码差异，包括PCDH11Y、TMSB4Y、USP9Y和KDM5D的潜在破坏性变化。其中三个变化是产生男性特异性小组织相容性抗原(H-Y)基因的错义突变。写了在研究中。

“有可能这些基因中的一个或多个不相容在两组的生殖隔离中发挥了作用。”

这项分析还使研究人员确定了尼安德特人和智人分裂的时间，大约在59万年前。